Pertanian memiliki peranan yang sangat strategis dalam pengembangan perokonomian di Kabupaten Cilacap. Peran strategis pertanian tersebut digambarkan sebagai penyedia bahan pangan, bahan baku industri, penyerap tenaga kerja dan sumber pendapatan masyarakat.
Selain peran tersebut di atas, sektor pertanian memberikan kontribusinya yang dominan terhadap pembentukan Produk Domestik Regional Bruto (PDRB), pada tahun 2016 sektor pertanian menjadi sektor yang memberikan andil yang besar terhadap pembentukan PDRB Kabupaten Cilacap, yaitu sebesar 17,54% (tanpa migas). Setiap tahun kontribusi sektor pertanian terhadap PDRB tidak berubah secara signifikan. Tahun 2014 17,53% dan tahun 2015 kontribusinya sebesar 17,78%. Pertanian masih menjadi sektor yang mampu menyerap tenaga kerja paling banyak dibanding sektor lain yaitu sebesar 285.064 orang, terbanyak di subsektor tanaman pangan sebesar 213.708 orang. Berdasarkan sensus pertanian 2013, jumlah usaha pertanian di Kabupaten Cilacap sebanyak 253.484 dikelola oleh rumah tangga.
Sektor pertanian ini ditunjang oleh luas lahan yang memadai. Luas wilayah Kabupaten Cilacap terbagi dalam dua bagian yaitu lahan pertanian yang terdiri dari lahan sawah seluas 64.744 Ha atau 30,27 persen dan lahan bukan sawah seluas 60.084 Ha atau 28,10 persen serta 89.022 Ha atau 41,63 persen merupakan lahan bukan sawah. Dengan luas lahan tersebut menjadikan Kabupaten Cilacap sebagai daerah produsen beras terbesar dan menjadi penyangga utama bagi ketahanan pangan di Jawa Tengah. Produksi padi memberikan kontribusi sekitar 7 persen terhadap produksi padi Jawa Tengah. Tahun 2017 produksi padi di Kabupaten Cilacap sebesar 897.280 ton, hal ini berarti mengalami peningkatan dibanding produksi padi tahun 2016 yang sebesar 888.960 ton.
Selain padi dan juga padi gogo, tanaman palawija seperti jagung, kedelai, kacang tanah, kacang hijau, ubi kayu dan ubi jalar juga merupakan komoditi bahan makanan yang ada di Kabupaten Cilacap. Namun karena kurang intensnya penanaman tanaman palawija maka dari tahun ke tahun produksi dari tiap-tiap komoditi menjadi tidak menentu.
Pada sektor pertanian, selain tanaman pangan, di Kabupaten Cilacap juga mengembangkan tanaman hortikultura yang meliputi tanaman buah-buahan dan sayuran. Komoditas unggulan buah-buahan yang ada di Kabupaten Cilacap diantaranya adalah jeruk siem, pepaya, pisang, sukun, manggis, durian, dll. Sedangkan sayuran yang dikembangkan antara lain cabe, kangkung, kacang panjang, bayam, terong, ketimun dan tomat. Produksi buah-buahan di Kabupaten Cilacap tahun 2016 yang paling dominan adalah pisang dengan total produksi mencapai 262.084 kw, disusul oleh produksi rambutan yang mencapai 85.599 kw, kemudian disusul dengan pepaya dengan produksi mencapai 76.864 kw. Komoditas sayuran yang paling dominan adalah cabe (cabe besar dan cabe rawit) dengan total produksi 30.154 kw disusul oleh terong dengan produksi 12.926 kw.
Jenis-jenis ternak besar dan kecil yang diusahakan di Kabupaten Cilacap antara lain : sapi perah, sapi potong, kerbau, kambing, domba, kuda, babi dan kelinci. Dari jenis-jenis tersebut kambing, domba dan sapi potong adalah yang paling dominan diternakan oleh masyarakat, dengan populasi pada tahun 2017 ternak kambing 119.529 ekor, domba 37.937 ekor dan sapi potong 16.287 ekor.
Di Kabupaten Cilacap juga dikembangkan beberapa macam ternak unggas, diantaranya adalah ayam kampung, ayam ras petelur, itik, angsa, itik manila, puyuh dan ayam ras pedaging. Ternak unggas yang dominan diternakkan di masyarakat adalah ayam ras pedaging dengan populasi sebesar 5.760.000 ekor, ayam kampung 1.488.500 ekor dan itik 330.123 ekor.